El Dr. Alexis Germán Murillo Carrasco, investigador del Centro de Oncología Traslacional (CTO) del Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) y de la Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP), ha lanzado una nueva versión de deltaXpress (ΔXpress), una aplicación para mapear genes correlacionados de manera diferencial usando datos de qPCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa Cuantitativa) de célula única.
La aplicación deltaXpress, cuya primera versión fue lanzada en 2023, puede usarse para proponer biomarcadores a partir de experimentos con datos de qPCR en formato de célula única o analizados en múltiples muestras independientes. Además de la aplicación, se ha preparado una publicación para la revista BMC Bioinformatics que detalla el funcionamiento del software.
Según la publicación, además de las estrategias convencionales para comparar los niveles de expresión entre grupos de genes (Análisis de Expresión Diferencial), el análisis de genes codependientes (Análisis de Correlación Diferencial) puede ser útil para comprender diversos mecanismos de regulación génica.
La aplicación cuenta con siete módulos, que se pueden alternar mediante el menú de navegación en la barra superior. El uso comienza en el primer módulo, Input, donde el usuario debe cargar un archivo con la información de los valores de amplificación (Cycle threshold, Ct) en uno de los formatos aceptados (.xls, .xlsx, .txt o .csv). La información debe estar dispuesta de la siguiente manera: una primera columna con los nombres de las muestras, una segunda columna con una clasificación de grupo y las siguientes columnas con los valores de Ct para todos los genes evaluados (incluidos los genes de normalización).
Una vez cargado el archivo, basta con presionar el botón “Start!” para que los datos se normalicen y los otros seis módulos se activen, presentando la información analizada. Estos módulos son: Normalización de Datos, Análisis de Expresión, Gráficos de Volcán, Análisis de Correlación, Diagramas de Dispersión y Glosario. La aplicación también produce imágenes listas para su uso en publicaciones científicas.
Según el Dr. Alexis Carrasco: “Esta nueva versión de la aplicación permite reducir el tiempo de procesamiento de datos de experimentos de expresión génica de forma simple y práctica, manteniendo la precisión estadística, la transparencia y la reproducibilidad de los análisis. Gracias a la fase de pruebas realizada por investigadores y residentes de nuestro laboratorio, logramos mejorar la aplicación, contribuyendo con nuevas funciones. Ahora los usuarios pueden personalizar la visualización de los resultados, eligiendo los colores de cada grupo experimental, lo que hace que la experiencia sea más dinámica.”
El desarrollo también contó con la colaboración de otros investigadores del ICESP/FMUSP: la Dra. Tatiane Katsue Furuya, la Dra. Miyuki Uno, el Dr. Tharcísio Citrangulo Tortelli Jr. y el Prof. Dr. Roger Chammas.
La herramienta deltaXpress se puede utilizar en línea y de forma gratuita, y está destinada a fines no comerciales.