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Pesquisador do ICESP/FMUSP lança nova versão de aplicativo desenvolvido para mapear genes diferencialmente correlacionados

Resumo visual das funcionalidades do aplicativo. Img: Reprodução

O Doutor Alexis Germán Murillo Carrasco, pesquisador do Centro Translacional de Oncologia (CTO) do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) e da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP), lançou uma nova versão do deltaXpress (ΔXpress), um aplicativo para mapeamento de genes diferencialmente correlacionados usando dados de single-cell qPCR (quantitative Polymerase Chain Reaction).

O aplicativo deltaXpress, cuja primeira versão foi lançada em 2023, pode ser usado para propor biomarcadores a partir de experimentos que utlizam dados obtidos de qPCR em formato de célula única ou analisada em múltiplas amostras independentes. Além do aplicativo, também foi produzida uma publicação para a revista BMC Bioinformatics, em que o funcionamento é detalhado.

Segundo a publicação, além do uso de estratégias convencionais para comparar os níveis de expressão entre grupos de genes (Análise de expressão diferencial), a análise de genes co-dependentes (Análise de correlação diferencial) pode ser útil e relevante para compreender diferentes mecanismos da regulação de genes.

O aplicativo conta com sete módulos, que podem ser alternados através do menu de navegação na barra superior. A utilização começa no primeiro módulo, Input, em que o usuário deve enviar um arquivo com as informações de valores de amplificação (Cycle threshold, Ct) em um dos formatos aceitos (.xls, .xlsx, .txt ou .csv). As informações devem ser dispostas da seguinte maneira: uma primeira coluna com nomes de amostra, uma segunda coluna com uma classificação de grupo e as colunas seguintes com os valores de Ct para todos os genes avaliados (incluindo genes de normalização).

Após o envio do arquivo, basta apertar o botão “Start!” para que os dados sejam normalizados e os outros seis módulos passem a funcionar apresentando as informações analisadas. Os módulos são: Data Normalization, Expression Analysis, Volcano Plots, Correlation Analysis, Scatter Plots e Glossary. O aplicativo ainda produz imagens prontas para a utilização em publicações científicas.

Segundo o Dr. Alexis Carrasco: “Esta nova versão do aplicativo permite reduzir o tempo de processamento de dados de experimentos de expressão gênica de maneira simples e prática, mantendo a acurácia estatística, transparência e reproducibilidade das análises. Graças à fase de testes realizada por pesquisadores e residentes do nosso laboratório conseguimos aprimorar o aplicativo, contribuindo com novas funções e funcionalidades. Agora, os usuários podem personalizar a visualização dos resultados, escolhendo as cores de cada grupo experimental, o que torna a experiência mais dinâmica.

O desenvolvimento também contou com a colaboração de outros pesquisadores do ICESP/FMUSP: Dra. Tatiane Katsue Furuya, Dra. Miyuki Uno, Dr. Tharcísio Citrangulo Tortelli Jr. e Prof. Dr. Roger Chammas.

A ferramenta deltaXpress pode ser utilizada on-line e de forma gratuita, e destina-se a fins não comerciais.

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