A Enciclopédia de Linhagens Celulares do Câncer (CCLE), revolucionou o estudo de câncer ao organizar dados multiômicos e farmacológicos de mais de 1.000 linhagens celulares. Esses dados, combinados com os mapas de dependência molecular disponíveis via DepMap, representam uma mina de ouro para a pesquisa translacional.
No entanto, ainda existem algumas limitações para a comparação sistemática de mRNAs, miRNAs, proteínas e metabólitos, além de suas conexões com respostas a fármacos e assinaturas gênicas. Além disso, extrair e analisar esses dados exige conhecimento técnico em bioinformática, o que limita sua exploração por pesquisadores de bancada.
Para superar essa barreira, pesquisadores desenvolveram o ShinyTHOR, um aplicativo web interativo que oferece acesso intuitivo a dados multiômicos — incluindo transcriptômica, metabolômica, metilômica, proteômica e miRNômica — além de informações associadas a fármacos. O ShinyTHOR integra bancos de dados de referência como CCLE, miRTarBase, circInteractome e o Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC).
O Dr. Alexis Germán Murillo Carrasco (ICESP/FMUSP), um dos desenvolvedores, comenta sobre o novo aplicativo: “Com o ShinyTHOR, pretendemos facilitar a vida de pesquisadores que desejam explorar a complexidade dos dados ômicos do câncer sem precisar escrever uma única linha de código. O aplicativo também deve ser útil para revisores ou editores que pretendem confirmar os níveis de expressão de certas regiões em tipos específicos de linhagens tumorais. Acredito que a democratização do acesso e da visualização integrada desses dados pode impulsionar descobertas em biologia do câncer e aprimorar a identificação de alvos terapêuticos.”
O artigo teve como autores Eduardo Navarrete-Bencomo, Anthony Vladimir Campos Segura, Orlando R Sevillano, Ana Mayanga, José Luis Bulejé-Sono, César Alexander Ortiz Rojas e Alexis Germán Murillo Carrasco.
Todas as informações sobre o ShinyTHOR podem ser encontradas no artigo publicado na revista Bioinformatics Advances.
